诉讼之前，原告必须尽力搜集可能搜集到的全部证据，在必要时作诉讼证据保全，搜集到全部证据后方可启动诉讼法律程序。商业秘密案件比较复杂，从组织起诉资料到法庭宣判，每个环节都必须力求严谨。作为原告在起诉商业秘密案件时，应当委托律师或法律专家代理诉讼，让专业人员把关分析是否形成商业秘密侵权案件。在此阶段更好地保护商业秘密应注意：
(一)准确确定诉讼案由和请求范围：在立案之前应尽量依据所掌握的证据准确的确定案由和诉讼请求范围。如果在立案时确实无法准确认定案由的，可先以比较大的案由来立案，在举证期限届满前再选择一个比较适合此案的准确案由。因为依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，在举证期限完毕以后，原告不得再变更诉讼请求。因此，原告必须在举证期满之前把案由和所主张的权利范围确定下来，如果在举证期满后再想变更或增加诉讼请求将不会得到法院的支持，若必须变更或增加诉讼请求的，则须另行起诉，这样将会增加原告的诉讼成本，也有可能丧失诉权。
(二)商业秘密侵权证据保全
在商业秘密侵权行为将给原告造成不可挽回损失的紧急情势下，或原告无法取得被告所掌握的关键证据，在起诉前或起诉后向人民法院提出保全申请，原告可以在申请中提出采取查封、扣押商业秘密附着物、颁布禁令、禁止侵权人披露、使用商业秘密等保全措施，法院收到申请后会认真考虑采取或不采取保全措施，如果法院同意证据保全，涉及财产价值的原告还须为此提供担保。这也是保护原告商业秘密最有效、最可行的方法之一。
二、原告在庭审中的权利主张
庭审过程也是举证、质证过程，原告能否胜诉关键也在于此，根据民事诉讼的理论与我国的立法规定，商业秘密举证还是实行“谁主张谁举证”的证据规则，所以对原告来讲是比较苛刻的，但在现阶段又是必须由其承担的责任。被告为了逃避或减少其法律责任，往往想方设法设置障碍，隐匿侵权证据，如果原告不能对其诉讼请求提出足够的证据，就可能承担败诉的风险。所以对原告的举证尤为重要。
(一)首先，原告要证明商业秘密成立，且商业秘密由原告所享有
原告想要用法律的手段保护其商业秘密，首先必须证明其商业秘密成立，这也是案件审理的基本焦点之一。商业秘密成立与否关键在于是否是公知信息。经营信息相对比较容易举证证明，对于技术信息的举证则难度大得多，原告在举证时应当全面考虑已方的商业秘密是不是公开的技术。有许多公司在不经意之中就已经将商业秘密公开了，比如，一方面保密，一方面又去申请专利的行为。“专利的特征就是公开，申请专利后的技术就不是商业秘密了，或将属于商业秘密的技术写入学术论文，并在公开报刊、杂志发表等，这些都是将商业秘密公开了，也是导致商业秘密不成立的原因。如果被告主张原告的商业秘密是公知技术，必须进行举证证明，必要时原告还可以作技术检索，来证明其商业秘密不是公知技术。对于保密措施的举证相对比较容易，主要是法律上认定是否构成合理保密措施的问题。比如含有保密条款的合同，保密规章制度等等。关于价值性、实用性不必过多说明，如果企业进行了使用，并且给其带来经济利益，就可以证明这两点。
在庭审时法院会要求原告必须指出商业秘密是什么?商业秘密的秘密点怎样确定?如果是技术信息涉及到的技术性较强，这是一个非常专业的问题，法院也往往会委托专门鉴定机关进行商业秘密鉴定，当然鉴定结论不能成为定案的唯一证据。如果原告的秘密点无法确定或不能确定也是往往导致败诉的主要原因之一。
另外，原告还要提供自己拥有此商业秘密权属的证据，如自己开发及许可转让的证明文件。
(二)证明被告实施了反不正当竞争法规定的侵害其商业秘密的行为
侵犯商业秘密，是指不当地获取、披露、使用或允许他人使用原告商业秘密的行为。商业秘密侵权的行为类型简单归纳起来有三种：不当获取、不当披露、不当使用，这三种侵权类型对财产而言是相互独立的，如果没披露、没有使用，仅有不当获取，也是侵权。对合法获取人来说，超出范围使用或违反保密义务披露了，同样也是侵权。所以在具体案件中，当原告能证明被告使用了其商业秘密时，还有没有必要再证明“接触加相似”?我们认为只要证明他使用了，而这种使用是未经原告许可的，就可以认为他是不当的。被告是否有合法来源和授权，应该由被告自己举证证明，与原告没有关系，原告证明了被告没有经过许可就使用了其商业秘密，基本的诉因就已存在了，原告可以去起诉，对此其举证责任就已完成。剩下的就应由被告举证其合法来源。
(三)被告的侵权行为给原告造成了损害或者被告的侵权行为所获得非法利润
赔偿损失是侵权人承担民事责任最广泛、最基本的方式之一。民事权利受到侵害的基本赔偿原则是赔偿实际损失，也称“填平原则”。但原告损失额与被告获得额均不能确认的案件，可以采用定额赔偿的办法来确定损害赔偿额。定额赔偿的幅度可掌握在5000元至30万元之间，具体数额，由人民法院根据被侵害的知识产权的类型、评估价值、侵权持续的时间、权利因侵权所受到的商誉损害等因素在定额赔偿幅度内确定。
《反不正当竞争法》第二十条明确规定“经营者违反本法规定，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润;并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。”该法把侵犯商业秘密列为不正当竞争行为之一，故该规定显然适用于商业秘密侵权赔偿的计算。本条规定遵循的是我国传统民法确立的实际赔偿原则，把实际赔偿原则适用于一般有形财产的损害赔偿计算上是合理的和可行的，适用在无形财产的损害赔偿计算上，有些欠妥。但在现阶段有许多法院仍然适用这种“填平原则”，以补偿为主。原告为避免“赢了官司输了钱”的情况发生，在举证、庭审时应注意以下方面：
1、 审判实践中原告的实际损失很难计算，原告往往也无法向法庭提供充分的证据来证明其损失。侵权人则往往以未获利润或仅获微利来设法逃避、减轻赔偿责任，这时要查清被告侵权期间获利也是很困难的。因此，如仅以被侵权人能够举证的损失部分或能够查到的侵权人所获利润作出判决，就可能造成原告的合法权益不能得到充分保护，而被告的违法行为不能得到应有的制裁。换句话说，立法规定以侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润作为赔偿额，实际上也是对原告的一种救济方法，但侵权人所得的利润也可能不足以赔偿原告的实际损失。
2、 商业秘密这种无形财产的一个显著特征是它的独特性，这一特征决定了它潜在的经济利益和竞争优势。因此，只规定计算实际财产损失，而忽略了表现为非财产形式的损害是不合理的。这里所说的非财产形式的损害包括潜在的经济利益的损害，市场竞争中优势地位的丧失，商业信誉、商业声誉的损害等等。这些非财产损害往往还大于实际财产的损害。比如：被告生产的与原告相同的产品质量低劣，且在销售时声称其产品技术水平就是原告同样产品的技术水平，那么就势必损害了原告的商业信誉。这种情况下，损害赔偿额不加上商业信誉赔偿部分显然就不足以弥补原告的损失。
