科技创新需要金融的助推，科技创新必须与金融创新有机结合起来。科技创新的过程具有很大的不确定性，换句话说，科技创新具有很大的风险性或失败的可能性。从研发成功到成果转化与应用，再到市场开拓、产生经济效益和投资回报，可能是一个较长过程，要完成从科学理论突破到技术发明创造，从实验成果到市场推广等关键性的飞跃。要成功完成这些飞跃，除了有科学理论和实践经验的长期积累，以及良好的创新环境等因素外，还需要有研发试验资金、成果转化与运用资金以及市场推广开拓资金的支持，而这些资金不可能完全靠企业或个人的自我积累来满足，而必须有社会资本和金融资本的支持。
金融的核心问题是，金融结构及功能是否能有效促进企业创新和经济发展。当金融结构及功能更符合企业创新和经济结构需求时，金融体系就能够发挥其最优的配置与使用社会资源的功能，从而为经济的快速和可持续发展做出重要贡献。因此，评价和判断金融体系结构是不是最优，是不是实现了资源的最优配置，应主要看其是否能够促进科技创新、产业升级、经济强劲和协调发展。
传统观点认为，以银行体系为主导的间接融资不是最能促进科技创新和企业创业的，只有以资本市场为主导的直接融资才更适合促进科技创新与企业创业。这种观点认为，银行机构作为信用中介，主要是以吸收社会公众存款来发放商业贷款，因此，保障存款的安全和及时支付是银行的生命线，由此决定银行机构更趋于传统和保守，更偏好于安全性与流动性，更偏重于发放短期流动性贷款，且要求有标准规范的资产负债表，稳定的现金流，合格有效的资产抵押或担保，以保证贷款本息的按时足额偿付。另外，银行贷款属于债务性合同，收回的是贷款本金和利息，银行无法从企业科技创新的未来高收益中得到高回报，却要承担企业创新创业的高风险，因此银行不愿涉足于科技创新和企业创业的融资，而更偏向于对收益稳定的低风险项目提供贷款。
相对而言，资本市场特别是专门为科技创新类企业融资的股票市场，即创业板市场，更能促进科技创新及高新技术的发展。因为通过这类市场融资的门槛相对比较低，不需要有确定的现金流，不需要有标准的资产负债表，也不需要有效的资产抵押和担保，完全可以按照可预期的经济效益、资金回报来确定股票价值，吸引投资者，由此实现资金的融通。股权投资基金、风险投资基金可通过创新企业和项目的上市收回投资并实现投资高回报，从而愿意为企业创新和创业提供资金支持，承担创新和创业的高风险。
从一些发展中国家的实际情况看，传统的银行业金融机构更主要的是为国有大中型企业、中央和地方政府的基础建设项目及房地产开发提供资金融通，对微小企业和科技创新热情不高。而发展中的资本市场包括创业板市场，也因政策、制度与机制不完善等原因，尚未充分发挥其推动科技创新与企业创业的功能。股权基金、创投基金、风投基金、创新基金等，尚在发展初期，还没有形成一定的规模和全面推动科技创新的能力。
目前，我国的金融体系结构仍以间接融资为主，银行体系发挥着主体与核心作用。从长远看，我国的确应该大力发展直接融资，大力发展资本市场。但我国以银行为主体，间接融资为主导的金融格局在短时间内不会有根本性改变。这就要求我们在不断完善现有金融体系的基础上，进行突破性的改革和创新，建立适应推动科技创新的金融体系与金融结构，实现间接金融与直接金融相互融合和优势互补，形成金融支持科技创新的合力。这一系统性工程的主要目标是建立一个协同、配套、高效的、以创新为驱动和导向的金融体系，包括金融政策体系，金融机构体系，金融产品体系，金融市场体系，金融服务体系，金融监管体系等。
一是建立激励、包容、配套、创新导向的金融政策体系。温家宝总理在全国科技创新大会上特别强调了金融政策在促进科技创新中的作用。应在信贷政策、利率政策、外汇政策、准入政策、风险损失准备金的税前提取政策等方面，对科技创新的金融支持给予倾斜和激励，要体现金融政策的扶优限劣导向，积极扶持具有自主知识产权的创新，具有高科技含量和高附加值的创新，具有核心竞争力的创新，以及具有广阔市场前景和潜力的创新，要为支持和鼓励创新提供一个配套、包容的金融政策环境，要对科技创新提供广大的空间，对其可能失败有较高的容忍度。
二是建立差异化、专业化、功能互补的金融机构体系。应在金融组织体系结构上进行科学创新，实现科学分类，差异定位，合理分工，专业发展。有些金融机构可主要从事批发业务，有些可主要从事零售业务；有些金融机构可主要从事传统商业银行业务，有些可主要从事投资银行业务；有些金融机构可主要从事短期流动资金融通业务，有些可主要从事项目融资和股权投融资业务；有些金融机构可主要从事贸易及产业链融资业务，有些可主要从事科技创新与创业风险投资业务。总之，要建立一个多类多元、分工协作的金融机构体系。
三是建立丰富、特色、创新驱动的金融产品体系。应根据支持科技创新的要求，大胆探索适合于科技创新特点的金融产品和金融工具，包括信用担保融资，股权抵质押融资，知识产权抵质押融资，动产抵质押融资，可转股权的贷款或债券融资，与保险相对接的贷款债券融资，与创投基金、风投基金相衔接的贷款或债券融资等。金融机构应围绕“企业生命周期”特征开发金融产品，将更多的成长期和创业期企业纳入金融服务范围。
四是建立多层次、多功能、高效率的金融市场体系。应按照支持科技创新的导向，进一步完善和创新金融市场结构与功能，完善金融市场的相关制度与机制，充分发挥市场在配置社会资源中的重要作用，引导社会资金流向创新型企业和项目。要建立和完善专门为科技创新型企业进行融资的股票市场、股权交易市场、债券市场、投资基金市场及贷款交易市场等，要制定适合于支持科技创新的市场融资制度和机制。
五是建立完善、专业、配套的金融服务体系。包括资金支付结算体系、外汇结售汇体系、金融顾问咨询体系、信用担保体系、信用记录体系、保险体系、资产评估体系、股权抵质押服务体系、股权转让交易服务体系、债权股权纠纷仲裁体系等。
六是建立差别、包容、鼓励创新的金融监管体系。应根据科技创新的特点和规律，进一步完善金融监管体系，创新金融监管制度，包括支持科技创新的金融机构、业务及产品的准入制度，科技创新中的金融风险评估与监控制度，风险准备金制度，以及对科技创新失败形成的不良贷款或债权的处置制度等。
